Khoảng cuối năm 1935, Hương chức hội tề đứng ra kêu gọi sự đóng góp của dân chúng, xây dựng ngôi chùa bằng cột gỗ căm xe, tường vôi, nền gạch, lợp ngói rộng rãi khang trang và hoàn thành trong năm 1936. Làng cử ông Dương Lai Bửu (Hương Chủ Bó) đến Châu Lăng, Châu Đốc rước thợ mã Ba về đắp tượng Phật bằng xi măng thay cho hình Phật bằng giấy để thờ phượng và tạo thêm chuông, trống với những vật dụng cần thiết trong chùa. Vị trí chùa bấy giờ thuộc địa phận xã Hòa Hảo, tổng An Lạc, tỉnh Châu Đốc, nên hương chức hội tề làng lấy tên tổng An Lạc và xã Hòa Hảo ghép lại đặt tên Chùa An Hòa, viết theo hán tự là “An Hòa Tự”.
Tương truyền Chùa trước kia xây cửa về hướng Đông, sông Vàm Nao. Năm 1936 xây dựng lại trở cửa ra mặt lộ về hướng Nam. Khi dựng bốn đại trụ gỗ căm xe lên trước, tuy có giàn trò chắc chắn nhưng đêm ấy có một trận giông mưa lớn làm bốn đại trụ đổ ngã. Các kỳ lão trong làng lo sợ nên ý kiến cùng hương chức lập bàn cầu Trời Phật, xin keo được tốt, mới dựng lại. Từ đó, chùa xây cửa về hướng Nam như ngày nay.
Chùa đang xây dựng thì ông Yết Ma Thường bệnh nặng rồi mất. Trong năm ấy, ngôi chùa hoàn thành nhưng không có người trông coi hương khói. Làng cho mời thầy cúng Kiểng (thầy nhưn bông) ở Tịnh Biên (Châu Đốc) về trụ trì. Thầy cúng Kiểng ở đây chuyên đi làm đám, tạo xá hạt, xá mã, làm trai đàn, tụng kinh mướn.
Năm Kỷ Mảo (1939), Đức Huỳnh Giáo Chủ ra đời mở đạo, lấy vô vi chân truyền của Phật Tổ làm nồng cốt, Ngài bài trừ dị đoan mê tín, xá phướn lầu kho, đốt giấy tiền vàng bạc, nên thầy cúng Kiểng tỏ ý không ưa thích Đức Thầy. Một hôm Đức Thầy đến chùa, lúc ông Kiểng đang làm xá mã, xá hạt do ông Võ Quang Lệ người trong làng đặt đàn cầu siêu cho thân phụ ông. Nhân dịp này, để thử xem oai linh của Đức Thầy ra sao mà nhiều người tin theo đến thế, ông Kiểng lấy quyển kinh Phổ Môn để dưới manh chiếu xếp lại, đặt trên chiếc ghế trường kỷ đối diện, rồi mời Đức Thầy ngồi, nhưng Ngài không ngồi, chỉ đứng nói chuyện. Đức Thầy nhìn ông Võ Quang Lệ, ứng khẩu một bài tứ tuyệt:
Cho hay đạo cả thiệt vì tiền
Đạo cả không tiền đạo ngửa nghiêng
Có bạc sợ chi miền địa ngục
Không tiền khó đến cảnh tây thiên.
Bài thơ của Đức Thầy làm ông Kiểng nóng mặt, còn ông Lệ như vừa tỉnh cơn say...
Từ khi Đức Thầy ra đời giáo đạo, bá tánh thập phương tấp nập đến Tổ Đình (tư gia của Đức Ông) xin thọ giáo quy y và nhờ Ngài độ bịnh ngày càng đông. Lúc này An Hòa Tự vắng tanh, gần như không người tới lui cúng lễ.
Các vị hương chức trong làng thuật lại: Đầu năm Canh Thìn (1940) làng có ý định hiến chùa cho Đức Thầy, nhưng lúc ấy nhà cầm quyền Pháp nghi ngờ Đức Thầy qui tụ quần chúng để chống họ, (ngày 12-4-Canh Thìn chánh quyền Pháp dời Đức Thầy từ Hòa Hảo đi Châu Đốc, rồi Sa Đéc, Cần Thơ, Sài Gòn, Nhơn Nghĩa, sau cùng lưu cư Ngài tại Bạc Liêu năm 1942. Trong thời gian này Ngài không được về quê thăm viếng Đức Ông, Đức Bà và gặp lại tín đồ). Mãi đến tháng 2 năm Ất Dậu (1945) sau khi Nhựt đảo chánh Pháp, người Pháp mất chủ quyền, Đức Thầy mới trở về Hòa Hảo, trong dịp này làng quyết định hiến chùa, và Đức Thầy đã nhận.
Trong thời gian đi khuyến nông, một lần nữa Đức Thầy về Tổ Đình thăm Đức Ông và Đức Bà, ngày 29 tháng 5 Ất Dậu (1945) (1), Ngài thỉnh lư hương (lư hương bằng sành sứ, đặt trên hương án trong lễ cáo hoàng thiên ngày Đức Thầy khai đạo) từ Tổ Đình xuống an vị nơi chánh điện An Hòa Tự. Hôm ấy khoảng 9 giờ sáng, Đức Thầy bưng lư hương, cùng đi bộ theo sau là các cụ khăn đóng áo dài chỉnh tề, trong đó có ông Nguyễn Duy Hinh (Xã Hinh), ông Nguyễn Chi Diệp (Quản Diệp) và một số tín đồ theo hầu chừng vài chục người. Đến nơi Đức Thầy đi thẳng vào chùa, chính tay Ngài an vị lư hương và làm lễ nơi bàn Phật Tổ. Ngài nguyện: “Tôi sẽ đi xa vắng mặt một thời gian, gởi lại đây những người tâm đạo!” – (Lời nguyện của Đức Thầy, lúc sau này hai ông Nguyễn Chi Diệp và ông Nguyễn Duy Hinh thường nhắc lại).
An vị lư hương và làm lễ xong, Đức Thầy vào hậu tự ngồi trên ghế trường kỷ, kêu những người trong chùa và những người có mặt đến, Thầy dạy: “Phải cử người quản tự để lo việc trong chùa. Và Ngài nói với thầy cúng Kiểng, khuyên ông thôi đừng đi làm đám, tụng kinh mướn nữa, ở chùa lo tu. Những ngày lễ tết, rằm ngươn, nếu trong chùa cần món gì hay cần tiền thì ghi lời kêu gọi lên bảng đen, khi tín chúng giúp vừa đủ thì bôi bảng. Còn ngày thường thì không nhận của ai hết”. Rồi Ngài kêu bà tư Nguyễn Thị Liên (người ở chùa tu từ lúc còn trẻ) căn dặn “Cô Tư, cô ở đây lo tu, gìn giữ trông nom chùa dùm tôi”. Sau đó, khi về Tổ Đình, Đức Thầy bảo ông Hai Báu (lúc này ông Phan Văn Báu quê ở xã Phú An đang ở Tổ Đình lo việc đốt hương, tiếp khách) xuống chùa tiếp với ông Mười Nhạt (Trần Văn Nhạt ở xã Hòa Hảo) lo phần nhang đèn, bông hoa trong chùa gọi là “Hương đăng”, còn ông Mười Nhạt ở bên ngoài làm “Tri khách” lo việc thù tiếp khách thập phương; lo trồng cây kiểng quanh chùa và coi một số đất ruộng của chùa (2)
Theo lời dặn của Đức Thầy, sau đó Đức Ông có tổ chức người quản tự, sắp đặt cho những người ở chùa trồng rau quả chung quanh chùa để tự độ, còn số đất ruộng của chùa giao cho bà con đồng đạo làm, rồi giúp lúa cho chùa đặng chi dụng.
Thầy Kiểng ở đây một thời gian, có lẽ không thích ứng với quy định mới tại An Hòa Tự, vì không còn môi trường để hành nghề thầy đám, nên thầy Kiểng tự chở đồ đạc hành nghề, bỏ chùa ra đi.
(1) Có người cho rằng Đức thầy thỉnh lư hương ngày 30/5. Nhưng theo lịch vạn niên, tháng 5 năm đó không có ngày 30, chỉ có ngày 29 (sau đó là ngày 1/6 al)
(2) Đất ruộng của chùa:
Theo lời các kỳ lão ở chùa thuật lại: Trước kia chùa có 3 sở ruộng: tại ấp Trung 3 một sở (khoảng 5 mẫu) ấp Thượng 1, một sở và ấp Mỹ Hóa, một sở (không nhớ rõ số mẫu), nhưng nay chùa không còn sở ruộng nào.