Đêm 9-3-45, quân Nhựt triệt-hạ chánh quyền Pháp ở Đông Dương. Các lực-lượng quân-sự của Pháp hoàn-toàn tan rã. Ở Việt-Nam, quân Nhựt đã chánh-thức nắm quyền cai-trị.
Trong giai-đoạn này ông Huỳnh Thạnh-Mậu hiệp-tác chặt-chẽ với quân Nhựt để giúp đỡ phần nào cho dân chúng bị Hiến-Binh Nhựt bắt bớ (Ông lãnh nhiệm-vụ thông ngôn cho viên thượng sĩ-quan Nhựt, Chỉ-huy miền Tây Nam-bộ).
Điều đáng chú y là: tuy cộng-tác với nhà binh Nhựt, nhưng ông Mậu không hề thọ lãnh tiền trợ-cấp của quân Nhựt vì mục-đích của ông là giải-cứu anh em tín-đồ và đồng bào bị quân Nhựt giam cầm, chớ không phải hiệp-tác vì tư lợi và để làm tay sai cho Nhựt. Bởi lẽ ấy mà quân Phù-Tang không dám khinh-thường trang thanh-niên mảnh-khảnh mà đầy nhiệt huyết ấy.
Trong thời-kỳ cộng tác này, ông Mậu can-thiệp với nhà chức-trách để phóng-thích rất nhiều người Việt đủ các giới đã bị quân Nhựt bắt. Anh em tín-đồ Hòa-Hảo nhờ cậy ông trong việc này không ít.